故事发生在第二部《猩球崛起：黎明之战》的后两年。猿族和人类的战争已经持续了两年之久，凯撒一直生活在暴力与疯狂之中。他被科巴的死折磨着，同时也看够了猿族的同胞死于战争之中，他想要复仇。所以凯撒发起了一场“史诗远征”，以刺杀人类军队的领导者“上校”（伍迪·哈里森饰演），一场人猿之间的生死决战一触即发。