亨利七世时期枢密院规模最大，多达227人，但被指定为枢密院成员并不意味着国王就一定召集这个人开会，更不意味着他有权不经召集参加会议。在上述227名枢密院成员中，有44人从未参加过任何会议；在183个参加过枢密院会议的人中间，经常出席会议的有20人，活跃的大约只有12人。亨利七世对枢密大臣的选择有全权，“忠诚和能力成为亨利枢密院成员资格的根本标准，强势的贵族、主教、民法或者宗教法的学者全都包括，但是只在国王的意志之下”。亨利八世时期相继出现了两位能干的枢密大臣，从1515年担任大法官起，托马斯·沃尔西就深得英王信任，因而被某些观察家评价为“ipserex”（真正的国王）。当然，亨利是终极的决策者，沃尔西只承担执行职能，而且他因为不能跟上宗教改革的步伐，后来被亨利抛弃了。16世纪30年代，担任国务秘书的克伦威尔成为枢密院的领导者，并对枢密院进行改革。但是，这种改革并未改变国王和枢密院的关系，也未影响政府决策的过程，他“改变的是管理活动的层面，曾经由沃尔西个人承担、克伦威尔监督管理的焦点，现在集中于一个机构中，其做出的决定和个别大臣的来去无关”。有学者评论道：“为了庇护和好处，亨利的大臣和廷臣投身于持续的政治投机和竞争，但是，国王保有根本的权力源泉”。伊丽莎白一世和枢密院的关系在都铎时期最为典型，女王不欢迎、也不期待枢密院达成一致的建议，以免使自己为难，可能正因为如此，她允许枢密院内部派别对立，如1560年代罗伯特·达德利（Robert Dudley）和伯利勋爵威廉·塞西尔（William Cecil,Lord Burghley）之间、1590年代埃塞克斯伯爵罗伯特·德弗罗（Robert Devereux,Earl of Essex）和罗伯特·塞西尔爵士（Sir Robert Cecil）之间的不和。约翰·戴维斯爵士（Sir John Davis）指出：“她（女王）通过他们（枢密大臣）看和听，但是判断和选择全在自己”。在继位、婚姻、苏格兰的玛丽等敏感问题上，大臣们以个人或集体的方式试图左右女王，但是极少成功，而她拒绝或者不理会枢密院建议的情况则屡见不鲜。像亨利八世一样，伊丽莎白相信她的权力是由上帝授予的，她的行政权不受其顾问们的影响。她把自己视为国家政治体制的首脑——一个不受身体指挥的头脑。罗伯特·诺顿爵士（Sir Robert Norton）评价说，“尽管（女王）经常和大臣商议，在做决定方面她是绝对的，这一点在其晚年时尤为明显”。