10时整，周佛海在法警及宪兵的押解下，从拥挤的人群里穿过。当他来到大成殿门前时，眼望着潮水一般的旁听民众，他心里就连声叫苦，知道自己今日受审难逃最严厉的惩罚。进入法庭，站到了被告席前。周佛海两手扶住被告席栏杆，身子微微颤抖着。
当9月16日周佛海从重庆被押至南京后，他已是开始“享受”囚犯待遇了，在南京老虎桥监狱里，他与另3名囚犯住在一起，行动受到严格管制。
被囚的当天晚上，监狱里就通知周佛海写自白书，说是上峰的命令。从9月19日起，南京最高法院检查官，连续对周佛海进行审判前的侦讯。掌握了一些罪证。
在朝天宫大殿里主持公审的是首都高等法院院长赵琛。他与周佛海原是朋友，然而今日则是对头。一个堂皇高坐，一个局促阶前。赵琛面无表情，按惯例问过姓名、年龄、籍贯、住址后，由检察长宣读起诉书。
这份起诉书长达15000字，列举了周佛海与日本签订丧权辱国的《日华新关系调整要纲》、发行中储券控制沧陷区经济为日寇提供大量资金和粮食、杀害沧陷区无辜人民等等罪行。指控周佛海“通谋敌国，图谋反抗本国”，应予严惩。