事实上，当把结构看作是主体的建构过程，看作是具有自身调节作用的系统时，我们已经又将结构与功能紧密地结合在一起了：特定的功能正是特定结构的作用方式或表征。具体来说，由于主体构成的要素、关系方式、层级等的不同，其功能的特性、表现形式、作用范围等也不相同。不论我们对功能问题有多么深入的分析，它都离不开对相关主体结构问题的讨论。如同结构分析离不开主体一样，功能分析也离不开主体。在随后的关于科学认知主体结构及其功能问题的讨论中，我们将会清楚地看到这一点。
就主体与客体的关系而言，与主体结构相联系的乃是对象或客体的结构关系。这是我们讨论科学认识论问题时不能回避的方面。人类对世界的认识，仅有认识主体是不够的，还要有认识的客体。但是，客体的生成并不是自然而然发生的，它与主体的性质（不同的层级）与构造（不同的结构关系）密不可分：主体与客体的相互作用是以结构的方式进行的。在进化认识论者看来，主体与客体、思维与现实的关系，犹如眼睛同太阳、马蹄同草地、鱼鳃同水的关系一样。它们在生物进化的意义上保持着同一、一致的关系。因此，“我们的认识装置对现实世界进行构造，或者更确切点说，对现实世界进行假设性的重构。这种重构，在知觉中本质上是无意识地实现的，在科学中则完全是有意识地进行的”[39]。虽然我不能完全同意这种单纯地建立在生物有机体层面上的“一致说”——因为在更高的层面上，如科学文化的层面上，随着符号因素的介入，所谓的“一致”关系要复杂得多，但是这种进化认识论确实揭示出认识主体与认识客体之间的内在的相互作用关系。简单地说，主体是结构性的，对象或客体同样是结构性的，它们两者以“同构”的方式发生关联。如果说在这一点上还存在什么问题，那是因为我们将不同层次的主体以及它们与客体所发生的对象性的关系，进行了错位性的认识和处理，并且没有注意到主体与客体关系的复杂性。