托马斯相信神学，并主张君权神授，即君权来自神权，国王的权力是由上帝通过教会授予的，教权高于王权。他认为上帝的存在并非可以不证自明的，但却也不是无法证明的。他认为证明上帝的最好方法，便是先排除那些不可能是上帝的东西，这个方法又常被称为否定神学。
在《神学大全》中，他提出了证明上帝存在的五个证据，这个理论又常被称为“五个证明的方法”：
上帝是简单的，并没有各种组成的部位，例如身体或灵魂或者物质和形式。
上帝是完美的、毫无破绽的。亦即，上帝与其他事物的差异便在于完美无瑕这个特征上。
上帝是无限的，即上帝并没有如其他事物一般有着实体上的、智能上的或情绪上的限制。但这个无限与体积或数量上的无限并不相同。
上帝是永远不变的，上帝的本质和特征是无法改变的。
上帝是一致的，上帝自己并没有多样的特征存在。上帝的一致性本质就如同上帝的存在一般。
在《神学大全》里，托马斯还讨论到了耶稣基督，他首先讲述了圣经里亚当和夏娃的故事，并且描述人类原罪的负面结果。他提出耶稣基督化身的目的是恢复人类的本质，协助人类移除他们身上“原罪的污染”。“神圣的智慧认为上帝应该化身为人，以这个单一而相同的化身改变人们并且提供救赎”。