但懋辛自得了泸州后，随即进兵占领合江、江津、綦江等处，这时又下了南川，正待向涪州进攻。杨森恐怕后路有失，急忙分兵去救涪州。重庆方面的兵力，愈加薄弱，邓锡侯、赖心辉等乘势猛攻，杨森大败，退守忠州，连防守涪州的军队，也受了影响，连夜退到石砫去了。邓锡侯等得了重庆以后，立即领兵追击，探报田颂尧克了大竹，刘斌攻克东乡，前进更猛。杨森见忠州已在包围之中，知道难守，便又放弃阵地，退守万县。但懋辛得了石砫，并不休息，立刻前进，在涂井渡江，进扑万县，一、二两军又在怀渡开火，一方是累败之卒，一方仗战胜之威，只支持了半天，二军杨森所部便大败而退。但懋辛乘势进攻，占了万县，第三军的大队，也陆续到来。休息了几天又继续前进，和杨森的军队在庙基滩开火。杨森此时已存背城借一之心，所以勉励部下，努力死战，绝不退却。双方激战了几夜，终究众寡势异，渐渐抵挡不住。一、三两军乘势猛扑，杨森顿时大败，士兵纷纷溃散，一部退至湖北施南一带，杨森自己逃到宜昌，向长江上游总司令孙传芳要求收编。孙传芳不敢专擅，电询吴佩孚的意见。吴佩孚正因胜了奉天，陈炯明又逼走了中山，在那里做武力统一的迷梦，吴佩孚武力统一的迷梦，确由此时起。得了这消息，自然极愿收留杨森，为自己将来武力取川的向导，所以立刻电令孙传芳收编，不愿改编的，资遣回籍。孙传芳准此办理，共得了一混成旅之众。吴佩孚仍令驻防鄂边，听长江上游总司令节制调遣。