1898年戊戌政变后，京师大学堂因为“萌芽早”而得以幸存，但其封建性明显加强，尤其恢复八股取士后，又逐渐成为科举制的附庸。1900年，八国联军入侵，京师大学堂停办，1902年恢复，成立了师范馆，纳入清末学制系统。1912年，改名为北京大学。
“百日维新”中的教育改革措施，仍然保留了一定的封建性内容，而且由于受到多方面特别是守旧势力的抵制，有些中途废止，甚至大多未及施行，但是在当时历史条件下却具有巨大的进步意义，不仅强烈冲击了封建教育，也体现了资产阶级维新派教育思想的特色，促进了人们思想的启蒙和解放。
第三节 清末新政时期的教育改革
1900年，八国联军发动侵华战争，爆发了义和团反帝爱国运动，国内外矛盾进一步激化。为了维护摇摇欲坠的统治，1901年，清廷宣布实行“新政”，要求各级官吏“就现在情弊，参酌中西政治，举凡朝章国政，吏治民生，学校科举，军制财政，当因当革，当省当并，如何而国势始兴，如何而人才始盛，如何而度支始裕，如何而武备始精，各举所知，各抒所见”。[13]在这次“新政”中，教育领域也进行了多方面的改革。