福临即位后，改次年为顺治元年。庄妃被尊为皇太后，史称孝庄太后，清太宗皇太极因谥号“文”皇帝，故又称之为孝庄文皇后。随着顺治皇帝的登基，孝庄太后的生活发生了巨大改变，清王朝的历史开始了新的纪元。
清顺治元年（公元1644年）即明崇祯十七年，闯王李自成击败明兵部尚书孙传庭，占领西安，改称西京。随后兵分两路直攻北京，逼得明崇祯皇帝朱由检自缢而死。李自成率军由承天门（天安门）登临皇家宫殿。此时孝庄太后与多尔衮尚在盛京坐观形势发展，寻求时机。
李自成入京后，骄傲轻敌，放松了警惕，部下大将出现了诸多问题。奉明朝廷之命镇守山海关的吴三桂，本也在坐守观望。后经李自成招降，一度有归降之意，但闻知其老父在京痛遭拷掠，家产被抄，爱妾陈圆圆又被李自成大将刘宗敏霸占，遂怒发冲冠，转而向关外多尔衮“乞师”求援，并发布了讨李自成檄文。多尔衮乘此天赐良机，整顿部队，辞别孝庄太后和顺治皇帝，在吴三桂的佐助下，直逼北京而来。