当然，《史学要义》也存在一些明显的疏漏和缺点。第一，失收一些重要论述，如司马迁《报任安书》、刘勰《文心雕龙·史传》、唐高祖和唐太宗修史诏书、吴缜《新唐书纠谬序》等。第二，所收诸文，多有出处不详者，如凡署作者姓名之文，均无出处，不便于查对、校勘。第三，标目错误或不当，如卷1所收《范晔传》，作者却署为“陈寿”。查此传辑自《南史》卷33《范泰传》附《范晔传》，作者应署为李延寿。同卷目录中有《答韩愈论史官书》，当作《与韩愈论史官书》；“杂史”之下署为“《隋书·艺文志》”，当作《隋书·经籍志》；“司马谈司马迁”之下署为“司马迁自序”，当作“《史记·太史公自序》”。卷2目录中的《陈寿传》《习凿齿传》《干宝传》，均署为“唐太宗”，实误，这是受了《晋书》曾被题为“御撰”的影响而致误；“李大师李延寿”下署为“《北史·李延寿自序》”，当作“《北史·序传》”。卷4有“宋史九朝实录”，文录自宋人洪迈《容斋三笔》，原作“九朝国史”，所改非是，等等。第四，补卷称“史学要义补卷之五”，于义不妥，且文、目分离，不符合史书编纂体例，于阅读亦颇不便。产生以上这些疏漏和缺点的原因是多方面的，而誊抄、刻印、校勘中出现的问题较多，这或许也反映了明人刻书的通病。