关于应予维新党人何种惩罚，皇太后长时间地就商于荣禄。后者主张强硬镇压，理由是事关大清王朝的威信。六名罪犯由刑部鞫讯，荣禄逼问他们：康有为对皇太后的意图何在。从康有为住处找到的文件揭示了阴谋的每个细节；于是，军机处建议处死所有罪犯。他们无疑犯有对抗皇太后的叛逆罪，拖延审判似乎明显是不可取的，尤其是因为，在双方派性高涨之时，行事的任何迟延，无疑都要冒加深满汉之间裂痕的风险。老佛爷同意军机处的决定，希望尽快结束这场危机。于是在当月十三日，几名维新党人被处死了。他们勇敢地面对死亡，大批群众目击了在城外处决他们的场景。据报道，在杨锐的文件中找到了皇帝本人写给他的一些高度危险的信件，其中猛烈地抨击了皇太后。还有杨锐的一道奏疏，指控皇太后行为不检，与几个身居高位的人有不正当的关系，其中之一就是荣禄；这份文件上有皇帝的朱笔御批。它引用了广州城内流行的歌谣，针对皇太后所谓的恶行，并警告皇帝：如果大清王朝现在就完蛋了，过错在于慈禧和她的邪恶行径，如同商朝（公元前12世纪）因纣王迷恋其宠妃妲己而垮台，其纵欲狂欢可见于史籍。杨锐把皇太后在颐和园里的生活比作这位臭名昭著的妃子在“酒池”边的宫殿里所犯下的弥天大罪。这就难怪，慈禧的拥护者们主张采取极端的措施，他们说，皇太后在皇帝的御笔中亲眼看到了这些犯上作乱的言论得到皇帝的赞同与支持，这使她心怀报复之意，决定一劳永逸地斩断皇帝与维新党的联系。