至于“刺宋案”，则发生于民国二年三月二十日。农林总长宋教仁，从下野后，仍为国民党中有力的人物。这时候，宋教仁的议论，说：总统非举袁世凯不可，而内阁则必须由政党组织。这一天晚上，突然在沪宁车站遇刺。二十二日身死。旋捉获凶手武士英，和主使的应桂馨。政府命江苏都督程德全、民政长应德闳查究。四月二十六日，程、应电呈总统，并通电全国，宣布所获证据。则主使应桂馨的，又系国务院秘书洪述祖。于是舆论哗然，都说这件事和政府有关。就做了二次革命直接的导火线。
先是南京政府交代后，孙文即行下野；黄兴为南京留守，不久亦呈请撤销。而长江流域，安徽都督柏文蔚，江西都督李烈钧，湖南都督谭延闿；南部则福建都督孙道仁，广东都督陈炯明，都系民党。七月十二日，李烈钧在湖口起兵，称为“讨袁军”。于是安徽、湖南、福建、广东，先后俱起。黄兴于十四日入南京；陈其美亦起兵于上海。政府先已令李纯扼守九江；郑汝成保卫上海制造局，和海军总司令李鼎新，互相犄角。又以倪嗣冲为安徽都督，龙济光为广东都督，张勋为江北宣抚使。李纯于七月二十五入湖口，八月十八入南昌。柏文蔚于八月初七日出走，倪嗣冲于二十九日入安庆。黄兴于七月二十九出走；八月初八日，何海鸣又入南京，张勋直到九月初一，才入南京。上海方面的民军，于七月下旬，屡次进攻制造局，不利。八月初二日，政府军反攻。到十三日，民党并弃吴淞炮台。龙济光于八月初四入广东。而湖南于八月十三日，福建于九月初九日，取消独立。