尸检报告送上去了，虽然人们有所怀疑，而且安托马奇和伯达阿医生在事后将英国政府修改病例的行为抖了出来，引起了人们对拿破仑死亡真相的争论，但没有真凭实据，谁也不敢说拿破仑确实是被英国人谋害的。
后来有人考证，拿破仑在上岛之前就得了一种热带病，因为拿破仑曾于1798年对埃及、叙利亚和利比亚进行了几次远征，应该在此染了病。当他被流放到圣赫勒拿岛时，潮湿的环境引发了旧病，最终导致他的死亡。还有人认为，法国国王路易十八的弟弟阿图瓦伯爵（就是后来的查理十世）忌惮拿破仑，他指使人给他下了一种不知名的慢性毒药，导致拿破仑毒发身亡。然而，这些推测出的死因没有找到足够的证据，真相仍是扑朔迷离。
到了20世纪50年代，质疑忽然有了新的论据。
瑞典牙医斯坦·福舒夫伍德业余喜欢钻研生物和病毒学，对拿破仑的死因很感兴趣。在1955年的一天夜晚，他在家阅读拿破仑的内侍长路易·马尔尚的回忆录，里面详细记载了拿破仑生命最后4个月的状况。其中有对处于生命最后阶段的拿破仑的痛苦描写——牙根暴露，腿部发肿，而且睡眠极差——引起了福舒夫伍德的注意。根据他多年研究病毒学的经验，这与砷中毒的症状非常相似。砷就是砒霜的主要成分，是一种没有刺激性、无味、很容易溶于水和食物的剧毒物质。而且根据他查阅的资料，在18世纪的欧洲，用砷下毒是非常普遍的作案手段。如果把砷和吐酒石、甘汞合用，会使中毒者的症状和其他病症非常相似，即使剖尸检查，也很难找到砷中毒的证据。还有就是，慢性砷中毒而死的人，尸体腐烂的速度要比常人慢得多。1840年，拿破仑的遗体在被运回法国时，人们打开棺材，发现拿破仑的脸色跟当年下葬时一样，几乎没有变化。